O pomorskih dejavnostih Istrijanov pričajo že zapisi o predrimskih prebivalcih Istre, Histrih in Liburnih - spretnih plenilcev ladji, ki so zašle v najsevernejši del Sredozemskega morja.
Otok je bil naseljen že v rimski dobi, domnevno se je imenoval Haliaetum. Večja najdišča iz tega časa so ob Simonovem zalivu, kjer so v morju potopljeni ostanki nekdanjega pomola, ko je bilo tu locirano pristanišče in obmorska vila, od katere so ohranjeni temelji stavbe, mozaiki in cevovod. V času preseljevanja ljudstev je bilo naselje na kopnem uničeno, prebivalci pa so se zatem naselili na nekdanjem otoku. Izola se prvič omenja leta 972, ko jo je cesar Oton I. Veliki izročil v fevd oglejskim patriarhom. Izola je leta 1280 morala sprejeti oblast Benetk, ki je trajala vse do propada republike leta 1797.
Po Napoleonovem porazu v Rusiji in dokončno pri Waterloo-ju je Istra po določbah Dunajskega kongresa ostala pod avstrijsko nadoblastjo. Izola je odtlej spadala pod Avstrijsko primorje, deželo Istro. Z razpadom Avstro-ogrske monarhije ob koncu prve svetovne vojne leta 1918 in po podpisu mirovne pogodbe v Rapallu novembra 1920 je bila celotna Istra priključena kraljevini Italiji, vse do njene kapitulacije leta 1934. Do konca druge svetovne vojne je bila del okupacijske operativne cone Jadransko primorje (Adriatisches Küstenland) Wermachta, vojaških enot Tretjega rajha. Po vojni, med letoma 1945 in 1954, je bila severna Istra del cone B Svobodnega tržaškega ozemlja.
Angloameričani so upravljali njegov severni del (cono A), ki je obsegala Trst z okolico in železniško progo Trst-Gorica. Cona B, ki je obsegala severni del Istre do reke Mirne, je bila pod jugoslovansko vojaško upravo. Z londonskim memorandumom iz leta 1954 je STO prenehalo obstajati, cona B pa je bila priključena Jugoslaviji. Dokončno je bila meja med Italijo in Jugoslavijo potrjena z osimskim sporazumom, ki sta ga podpisali Socialistična federativna republika Jugoslavija in Republika Italija 10. novembra 1975 v italijanskem mestu Osimo.
Z osamosvojitvijo Slovenije leta 1991 je Izola tudi uradno postala slovensko istrsko mesto. Po osamosvojitvi Slovenije je občina Izola leta 1995 zamenjala stari občinski grb iz leta 1987 z novim, ki je še danes v veljavi.